Pierwsze wzmianki o kościele św. Mikołaja pochodzą z 1476 roku. W XV wieku, podczas gdy kościół farny zajęli husyci, kościół św. Mikołaja pełnił rolę świątyni parafialnej. Stanowił też miejsce pochówku włodzienińskiej szlachty. Znajdowały się w nim płyty nagrobne Barbary z Włodzienina (1496), Jadwigi Czepl z Bełku (1528), Wacława Bytowskiego seniora (1553), Wacława Bytowskiego juniora (po roku 1575), Anny Bytowskiej (1578), Jana Jerzego Bytowskiego z Fulsteinu (1586), Jana Bytowskiego (1588) oraz płyta Katarzyny Sedlitzkiej z Choltic (1596). W 1840 roku kościół poszerzono oraz odnowiono znajdujące się w nim ołtarze, ambonę oraz posadzkę. W 1880 roku piorun uszkodził wieżę kościoła i dach kryty gontem. Podczas działań wojennych w 1945 roku obydwa kościoły włodzienińskie zostały zniszczone. W 2011 roku, po przeprowadzonych pracach porządkowych i remontowych, na wzgórzu, na którym znajduje się kościół, został utworzony park historyczny, a wieża kościoła św. Mikołaja pełni funkcje punktu widokowego i jednocześnie stanowi atrakcję turystyczną.